2016年8月29日“财税【2016】89号文”发布，这是自“财税【2007】121号”宣布对科技企业孵化器进行税收优惠之后，第三次顺延孵化器的税收优惠政策，延期三年，并将给企业孵化器的优惠政策实施范围扩大到了众创空间。

“财税【2016】89号文”对孵化器享受税收优惠政策做出明确规定，但实践中，孵化器如何平衡好自身发展与税收政策优惠之间的关系，促进行业持续发展至关重要。结合孵化器行业的发展状况，本文旨在就科技企业孵化器如何合理享受税收优惠政策进行探讨。

营改增对孵化器的税收影响

孵化服务

营改增之前，因营业税为价内税，针对孵化器的营业税免税政策对孵化企业没有影响，可以切实降低孵化器的税收负担。

营改增之后，因增值税为价外税，具有环环征收，并层层抵扣的特征。如果孵化器享受税收优惠，其为企业开具的发票必须为普通发票，这将导致在孵企业无进项可供抵扣。

因此，孵化器应将孵化企业进行分类：孵化企业为小规模纳税人的，依然享受增值税免税政策；否则，放弃增值税优化政策，向孵化企业开具专票。

另外，“财税【2016]】89号文”并没有将增值税免征与房产税、土地使用税免征结合，因此，笔者认为孵化器放弃享受增值税免征政策并不影响其享受房产税、土地使用税免征政策。

实践当中，可能部分地区会将上述三项政策的享受进行关联，此种情况下，建议孵化器对房屋租赁服务与其他孵化服务进行区分：房屋租赁服务开具增值税普通发票，其他孵化服务根据被服务企业是否为一般纳税人，确定开具专票或普票。

孵化器代收费用

孵化器提供代收水电费、物业费的，应尽可能要求服务提供方直接向在孵企业开票；如果服务提供方不同意的，孵化器应对该部分进项与销项单独核算，满足在孵企业的开票要求，实现该部分增值税的层层抵扣。

账务处理

营改增之后，孵化器应严格区分免税、简易征收、应税服务收入与支出，对其销项、进项分别核算；与免税收入、简易征收相关的进项均不得抵扣，不能合理区分的进项，按照应税收入占总收入的比重分摊确定可抵扣的金额。

不同类型孵化器的税收筹划

通过外部租赁方式的轻资产型孵化器（含众创空间）

该类孵化器主要通过租赁房产获得物理空间，并向孵化企业提供租赁服务、孵化服务等。由于其自身非房产所有人，因此无需缴纳房产税、土地使用税，也就不存在享受房产税、土地使用税免税的问题，而应重点关注的是如何充分利用增值税免税政策。

营改增后轻资产类孵化器向房产所有人租赁房产，有可供抵扣的进项税额。目前，孵化器通过租赁方式获得的房产大都为2016年5月1日之前建造的，因此房屋所有人基本采取简易增收的方式，开具5%税率的发票。

孵化器应根据在孵企业是否为一般纳税人，向其开具专用发票或普通发票。由于孵化器作为二房东，其为企业提供的房屋租赁服务与孵化服务较难进项区分，实践当中较多的孵化器采取只收取服务费的方式，将11%的房屋租赁税率降低为6%的服务费税率，在孵企业也基本能接受这一方式。

通过内部租赁方式的轻资产型孵化器

建议该类孵化器根据自身发展状况、能力等因素，与关联方做好资产划拨、买卖工作，将适当面积的房产注入孵化器，充分享受国家给予孵化器的房产税、土地使用税优惠政策。如资产划拨、买卖成本过高的，也可通过内部转移定价的方式，向关联方以合理低价租赁房产，降低关联方的房产税税负。

营改增之后，孵化器税收政策中免征增值税的实际意义大为降低。同时由于营改增导致企业整体税负降低，税务机关在流转税环节减税的同时，加大对房产税、土地使用税的征收力度，且房产税的税率较高，为房屋总价一定折扣后的1.2%或租金的12%，因此充分享受房产税、土地使用税的免税政策更具有节税效应。

重资产、集团化孵化器

随着孵化器行业的蓬勃发展，部分孵化器逐步向集团化、规模化发展，其持有的房产规模庞大，为企业提供的服务多元化、服务能力持续增强，包括股权投资、小额贷款、融资租赁、技术转移、战略咨询等，此类孵化器应对照“财税【2016】89号文”，对业务、资产进行分类并单独核算，既充分享受孵化器税收优惠政策，又确保整体可持续发展。

专业类、增值类服务与传统孵化服务相分离，必要时设立独立的子公司运营该类业务。专业、增值服务的客户均具备一定规模，多为一般纳税人，因此应放弃享受增值税优惠政策，为客户提供增值税专用发票。

“孵化器提供给孵化企业使用的场地面积（含公共服务场地）应占孵化器可自主支配场地面积的75％以上（含75％）”，这意味着持有较多房产的孵化器必须对自己持有的房产进行合理规划。

为了既充分享受税收优惠，又为企业发展提供足够的空间，通过购置、开发等方式取得的房产中，一定面积的房产专门用于孵化租赁服务；同时拿出一定比例的房产用于对非孵化、毕业企业进行服务，这部分房产应与孵化面积相区分，并满足形式上独立于孵化器。后续随着自身孵化服务能力增强，孵化器可以通过向关联方或外部机构租赁房屋等方式增加孵化服务面积，也可将关联方持有的房产注入孵化器。

2013年“科技部火炬中心关于开展“苗圃—孵化器—加速器”科技孵化创业链条建设工作的通知”，明确加速器在孵化器建设中的重要地位。然而有关孵化器税收优惠政策中，始终未将加速器、加速器入驻企业纳入优惠范围，也会阻碍孵化器做大做强。

考虑现有孵化器税收政策的局限性，孵化器如何做好自有房产配置，显得更为重要，一旦处理不慎，将导致其丧失享受税收优惠资格。

毕业企业、非孵化企业租赁面积的税收筹划

“财税【2016】89号文”对孵化器与孵化企业标准进行了明确，孵化企业的标准相当严格，要求企业在孵化器内孵化的时间不超过48个月，特殊情况下不超过60个月。

实践当中，孵化企业早期服务需求相对单一，集中在企业注册、财务代理、人事服务、专项基金申报等基础阶段；企业从孵化器毕业进入成长期后需要提供更多的增值服务，例如投融资、战略规划、税务筹划等，也是其对孵化器贡献最大的阶段。孵化器因为税收政策而放弃对毕业企业的服务，往往得不偿失。

因此，建议由集团内成立专门的公司为毕业企业提供服务，避免上述比例不达标导致孵化器不能享受税收优惠，一旦孵化企业符合毕业标准，及时从孵化器转入专为毕业企业服务的公司。

由于毕业企业、非孵化企业租赁的面积不能享受土地使用税、房产税免税政策，且这些企业具备一定规模，多为一般纳税人。为降低税负，孵化器可以将该部分房产采取整体租赁的方式，以相对较低且符合税务机关认定标准的价格租赁给关联企业，由其向客户出租。

采用此方式时，孵化器的房产如属于2016年5月1日以前购买、建造的，建议选择适用5%的简易征收率；无论孵化器房产属于新旧项目，建议关联方对外出租时均采取11%的增值税税率，实现增值税的层层抵扣。

根据财税【2016】89号文的要求，孵化器根据各省市对孵化器考评的要求，在平衡好税收、高新技术企业数量、创新基金企业数量等的前提下，合理确定孵化服务面积，并上报省级科技主管部门和科技部，科技部审核确认后向纳税人出具证明材料，列明用于孵化的房产和土地的地址、范围、面积等具体信息，并发送给国务院税务主管部门。

纳税人持相应证明材料向主管税务机关备案，主管税务机关按照《税收减免管理办法》等有关规定，以及科技部发布的符合本通知规定条件的孵化器名单信息，办理税收减免。

由于科技部均为次年公布符合规定的孵化器名单信息，税务机构倾向于按照先征后返的方式征收，符合免税条件的孵化器应与主管税务机构做好沟通，以免因理解偏差导致缴纳滞纳金。

以上海为例，随着信息系统的不断完善，地方税务机关可以及时掌握孵化器备案的房产和土地的面积、范围、地址等信息；同时，税务机关也通过与房地产登记系统联网，及时掌握企业各项房产、土地信息，企业哪些房产、土地符合免税政策一目了然。在此基础上，税务机关将会从严征收，以往依据孵化器免税政策，凭企业自主申报便可享受税收优惠的时代已一去不复返。

（本文作者就职于上海杨浦科技创业中心有限公司）