上海科改“25条”另一个重要的关注点是处理好政府和市场的关系，自始至终突出了“市场要活”这一理念，通过加快健全技术创新市场导向机制、市场配置创新资源机制、市场决定创新报酬机制，具体创新活动放手让市场说话。
因此上海科改“25条”明确提出，对于一些重要的新型研发机构，赋予研究机构充分自主权，创新运行管理机制，建立与市场相匹配、与国际相比具有竞争力的薪酬体系；对于科技成果而言，可通过协议定价、在技术交易市场挂牌交易、拍卖等市场化方式确定价格等。加快转变政府职能，更加重视加强创新服务，把工作重心转到抓好战略规划、重大攻关、政策标准制定、体制改革、法治保障等方面，着力抓好营造环境、引导方向、提供服务等基础性和公共性工作。
上海科改“25条”还明确提出，将进一步营造公平市场环境，在支持国有企业创新发展的同时，进一步完善企业服务机制，大力培育发展民营科技企业，鼓励支持民营科技企业承担政府科研项目和创新平台建设，加大对民营科技企业技术创新人才培养的支持力度。同时，在创新创业氛围和各种政策优化上提出了一系列政策举措。
政府进一步做好“蓄水池”服务工作
例如，在上海科改“25条”中即提到，要以在上交所设立科创板并试点注册制为契机，支持优质科创企业上市，很好地反映了上海近年来立足自身的基础、优势和发展需求，从顶层设计、产品创新支持等方面，积极推进科技金融服务体系建设，进一步深化金融中心与科创中心建设的联动。
据上海市副市长吴清介绍，上海当前的科技投入模式已呈现出多样化的特征，科技信贷创新产品与服务体系不断完善，创业投资、风险投资等投融资的环境也都在逐步优化，多层次的资本市场也在加快形成。应该说，上海已经具备科技金融全生命周期的产品体系，为种子期、初创期、成长期等不同阶段的科创企业都准备了符合成长发展特点和需求的工具。“这些工具不能说完全就是政府制定的，实际上是在上海地区形成了由市场各方共同参与下形成的生态。”吴清也指出，如今科技企业融资仍存在着一些融资难的问题，必须要通过进一步的技术创新来用好、用活金融资源，系统性地带动和盘活科技金融生态。
当前上海国际金融中心建设已进入了冲刺阶段，到2020年要建成与我国经济实力和人民币国际地位相适应的国际金融中心。同时，科创中心建设自2014年提出以来，不断推进，也进入到攻坚突破期。在上交所设立科创板试点注册制，既是资本市场制度创新，也是上海国际金融中心和科创中心建设的有机结合点，将为上海培育发展科技金融生态提供历史性的机遇。
因此，吴清还就政府和市场关系的提出了一系列观点：首先政府要进一步做好“蓄水池”服务工作，充分整合资源，特别是聚焦人工智能、集成电路、生物医药、高端制造、航空航天、新能源汽车等上海有优势、有潜力的重点产业领域，加大支持力度，提升政府服务质量，政府要为企业当好“店小二”，甚至要当好五星级的“店小二”，推动一批符合条件的科创企业上市，为科创板培育源源不断的优质上市资源，做好我们的服务工作。
第二是要发动“新引擎”，大力推动创新创业，弘扬创新文化、创业精神，积极推进实验室的开放、仪器设施的共享，特别是大型科研设施的共享，推动研发人员的流动，在科技前沿、重大关键核心技术、产业共性技术等方面，鼓励各类企业协同攻关，营造责任担当、利益共赢等协同机制，营造开放包容、充满活力的创新创业活力。
第三是构建生态圈，全面优化科技金融生态。以科创板为契机，促进风险投资、创业投资、科技信贷、科技保险等多种科技金融工具、产品、业态，广泛协同联动，共同营造金融、科创、法治、人才等各类要素良性互动的优质科技金融生态。
全面创新改革试验“2.0版本”的“上海经验”
全面创新改革试验是党中央、国务院为了加快推进实施创新驱动发展战略所作的重要决策部署，主要选择在京津冀、上海、广东等八个区域开展改革试验。2016年4月12日，国务院批准印发上海全面创新改革试验方案，授权上海在实施股权奖励递延纳税试点政策、探索开展投贷联动等金融服务模式创新、加快改革药品注册和生产管理制度等10个方面进行改革试验。
据上海市发展改革委副主任阮青介绍，经过3年努力，上海已基本完成任务。“全创改”已成为上海加快建设具有全球影响力的科技创新中心中涉及国家事权、争取国家授权的重大改革创新平台。目前已经在海外人才永久居留便利服务、天使投资税制、药品上市许可人制度试点、国有企业创新投入容错机制方面形成了一批可复制、可推广的改革经验。前一阶段，国务院部署向全国复制推广的两批36项创新改革举措中，有1/4是“上海经验”。
今年是全面创新改革试验首轮3年改革的收官之年，目前上海市发改委正会同各部门一起研究全面创新改革试验的“2.0版本”，上海科改“25条”中有不少政策也涉及国家层面授权，例如大股权激励递延范围、成果转化的协议定价、在转化净收入中提取不低于10%的比例用于转移转化能力建设等方面，上海将纳入新一轮“全创改”改革内容，积极争取国家支持。
