科研经费泛指各种用于发展科学技术事业而支出的费用。科研经费通常由政府，企业，民间组织，基金会等通过委托方式或者对申请报告的筛选来分配，用于解决特定的科学和技术问题。科研经费是具有指定的项目和用途的资金，具有既定的支出目标，专款专用。按照科研经费的来源和性质划分，分为纵向科研经费和横向科研经费两类。纵向与横向科研经费的来源及性质不同，但无论那一种都是高校收入的一部分，而不是科研人员的私有财产，均应全部纳入学校财务统一管理，集中核算，接受国家法规和学校财务制度的规范和约束。如果得利用科研经费管理中的漏洞来谋利,甚至通过各种途径据为已有，就是腐败行为。科研经费管理中的违法现象，实际上也是以学术权力谋私的腐败问题，就是项目负责人利用课题组长这个权力来谋取课题经费这种私利的行为。
本来项目负责人主要职责是：负责编制科研项目经费预算和决算；按照预算和合同约定合法、合理使用科研经费，执行国家和学校的科研经费管理政策办法；接受国家和学校的监督检查；按规定办理科研项目结题及结账手续；对科研经费使用的真实性、有效性承担相应的经济法律责任。但是，在项目立项、执行和结项过程中，项目负责人及其相关人员就可能产生腐败行为。腐败产生的根本原因是权力没有得到监督和制约，同样，科研经费中腐败产生的原因也是课题负责人的学术权力没有得到很好的制约的结果。绝对权力产生绝对腐败，这里的“绝对权力“，是指没有受到监督和制约的权力。无论是不受监督与制约的学术权力，还是不受监督与制约的学术权力与行政权力一体化的综合权力，这都是科研经费腐败所以产生的根本原因。
在立项阶段,课题负责人以权谋取课题项目、行贿受贿非常严重；横向科研项目经费的审批不严，权责划分不清。我国科研项目立项和经费分配由少数行政管理掌握，而这些官员并不了解科学的发展规律，也缺乏相应的专业知识和决策能力。有的科研人员盲目追求科研经费，但课题批准立项后不认真研究，敷衍了事，科研经费报销了但没有出成果，导致科研效益低下。
由于学术权力与行政权力没有分开，科研院所领导也是“双肩挑”，既从事管理，又从事学术研究，既沾了管理的光，也沾了学术的光。这些人由于掌握权力，拿项目容易。此外，还有一部分人，虽然他们没有掌握行政权力，但是，由于他们是“学术权威”，是“学霸”，在科研项目申报中以权谋私。一些所谓的“学术权威”甚至利用手中的学术权力垄断科研项目资源。要想弄到科研项目，就要向这些人行贿。有的“学霸”甚至当起了“科研老板”。所谓“科研老板”，是指这样一些人,他们曾经或者现在也是“科研人员”,并且拥有了一定的学术地位、身份、头衔和荣誉,但是,他们自己不从事相应的科学研究,而是充分利用自己的这些“优势”,以及圈内的各种关系“掠取”项目,然后把项目外包给同事、朋友或自己的研究生,但最后的“研究成果”却集中到自己的头上,并成为以后拿到更多、更大项目进行一次次的“资本积累”。显然,“科研老板”已经把科研变成了经营。总之，在以学术权力谋私的腐败空气笼罩之下，行贿受贿行为极度猖獗，甚至达到了泛滥成灾的地步。
在研究执行阶段，科研经费属于负责人个人所有的意思非常严重。课题项目负责人申请到科研究经费之后，有一种错误认识，就是认为课题项目主要是课题负责人的功劳，所以经费也是自己的私有财产，课题组的其他人员无权过问，申请课题时依靠课题组成员，研究执行时就撇开的课题组成员。有的课题负责人甚至利用自己的硕士研究生和博士生做课题，支付廉价的劳务费，课题组其他人员报不了经费，从而实际上科研经费属于课题负责人一人所有。经费管理和项目管理相对脱节，与科研相关的固定资产管理不到位，忽视相关无形资产的管理。科研经费支出比例不合理，存在用无关的发票套取科研经费的现象。我国现行科研政策规定，科研经费的开支范围，仅限于课题研究开发过程中支付给没有工资性收入的相关人员和课题组临时聘用人员的劳务性费用，承担科研项目的在职人员津贴补助一律不能开支，这严重打击了科研人员的积极性。做科研需要付出大量的精力，由于没有劳务支出这一项，科研人员的劳动报酬难以得到，所以，许多课题负责人就用无关的发票来套取经费，实际上是补偿自己的劳动报酬。
在项目结题阶段，缺乏必要的跟踪评价措施，项目结题不结账的现象很普遍。
科研项目经费的管理体制不完善。这主要表现出在两个方面：一是科研经费的资产管理体制不健全。科研院所科对科研经费购置的固定资产管理缺位，并缺乏严格的交接手续，物随人走，实际上是项目科研人员贪污了科研资产，而且在现行的财务制度中没有针对无形资产管理的具体做内容，忽视了对无形资产的管理；二是科研结费管理的监督体制不健全。目前科研院所普遍存在科研经费的监督检查意识不强的状况，缺少对科研经费结题审计和效益分析，致使项目组负责人为所欲为。如何治理科研究经费中的违法行为呢？主要从以下几个方面进行：应由科学家掌握科研立项的权利，为了避免人情项目、关系项目及学者“跑部进钱”的腐败现象，应建立非官方的科研拨款机构。要在科研项目经费支出中明确列出课题组成员的劳务费和津贴补足，从而克服科研经费是课题负责人私有财产的落后思想。要明确学校各相关部门在科研经费管理工作中的职责与权限；理顺管理部门与课题组的关系；规范固定资产管理，促进资产整合与共享公用。同时，要加强对科研项目经费的监督，严厉打击贪污科研项目经费的违法行为。
学术研究的动力应该来自于对真理的追求，但是，在官本位的体制下，在追求科研项目数量的绩效管理模式下，学术发展的动力不是对真理的追求，而是对金钱的追求，是对身份、地位的追求。有人曾说，如果在追求真理的过程中，也可以以权谋私，那真是不可救药了。
