2008年12月10日国家税务总局以国税发〔2008〕116号文发布了《企业研究开发费用税前扣除管理办法（试行）》（以下简称国税发116号文）以后，上海市税务局积极予以贯彻落实，并先后发布了《关于转发《国家税务总局关于印发＜企业研究开发费用税前扣除管理办法(试行)＞的通知》和本市实施意见的通知》(沪国税所[2009]14号)、《关于做好企业研究开发费用加计扣除政策落实工作的通知》(沪国税所[2009]19号)和《关于进一步做好企业研发费加计扣除政策落实工作的通知》(沪国税所[2010]11号)等文件，取得了较好的成效。2009年以来，企业研发费用可加计扣除额及享受该项政策的企业持续增长

（如表1所示）。

适用领域有新的要求

中发6号文规定加计扣除政策的适用范围包括战略性新兴产业、传统产业技术改造和现代服务业等领域的研发活动，财税13号文对适用领域作了小幅度的扩大，即该文第三条规定，企业在试点地区内从事《国家重点支持的高新技术领域》、国家发展改革委等部门公布的《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南（2011年度）》和试点地区当前重点发展的高新技术领域规定项目的研究开发活动，可以享受加计扣除政策，即试点地区的高新技术企业的研发活动属于试点地区发布的当前重点发展的高新技术领域的，也可享受加计扣除政策。但财税70号文还没有涉及适用领域，仍然沿用国税发116号文的规定。也就是说，加计扣除政策的适用范围还处在试点阶段。

根据沪税所38号文第一条对“企业研究开发费用加计扣除事项管理规程”所进行的修订，要求各税务分局对纳税人提交的研发项目是否符合《国家重点支持的高新技术领域》（国科发火〔2008〕172号）和《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南（2007年度）》（国家发展改革委员会等部门2007年度第6号公告）、或张江国家自主创新示范区内企业适用的《国家重点支持的高新技术领域》、《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南（2011年度）》和试点地区当前重点发展的高新技术领域规定进行核对。沪税所38号文的《企业研究开发项目鉴定意见书》中的项目所属领域一栏中，《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南》没有区分2007年度和2011年度。也就是说，两个年度的指南均适用。这也是符合技术进步的规律，是比较合理的。为便于税务部门核对研发项目所属领域和科技部门进行研发项目鉴定，沪税所38号文《企业研究开发项目鉴定意见书》中的“注”解第3条要求企业在“项目简述”中注明研发项目所属技术领域类别的最小类。如：《国家重点支持的高新技术领域》/一、电子信息技术/（一）软件/1.系统软件。这对企业申报研发项目提出了较高的要求。企业申报时应当注意仔细甄别并准确地找到研发项目所属的领域，甚至有必要作出适当的说明，便于税务部门和科技部门核对并作出正确的判断。否则，会影响企业享受加计扣除政策。对适用领域作出限定会让那些不在适用领域的研发活动不能享受加计扣除政策，进而影响企业研发创新的积极性。但是，为什么还要对适用领域作出限定呢？主要是避免那些不应当鼓励和支持的研发活动享受加计扣除政策。在没有找到更好的办法之前，只能维持现状。

研发项目鉴定机构有所变化

国税发116号文第十三条规定，主管税务机关对企业申报的研究开发项目有异议的，可要求企业提供政府科

技部门的鉴定意见书。这里的“政府科技部门”可以认为是与主管税务机关对等的科技部门。如县一级的主管税务机关对企业申报的研发项目有异议的，可要求企业提交县一级政府科技部门出具的鉴定意见书。然而，县一级政府科技部门还不够健全，税务部门担心县级科技部门缺乏鉴定能力，难以客观地出具鉴定意见。如果要求企业提供省级科技部门出具鉴定意见，则大大增加了企业申报科技项目鉴定的成本和难度，拉长了鉴定周期，影响了企业享受政策。为此，财税70号文第三条规定，主管税务机关对企业申报的研究开发项目有异议的，可要求企业提供地市级（含）以上政府科技部门出具的研究开发项目鉴定意见书。不过，上海各区县科委均属于地市级政府科技部门，对企业来说，不受影响。

由于财税70号文基本覆盖了财税13号文的内容，只一点差别，即张江自主创新示范区的高新技术企业需要适用“试点地区当前重点发展的高新技术领域”的，才需要提供上海市级科技部门的鉴定意见。但这种情形是极少的。

要求企业建立研究开发费用专账管理制度

国税发116号文第十条规定，企业必须对研究开发费用实行专账管理。据此，沪税所38号文第二条规定，对2013年12月31日未完成的企业研究开发项目和2014年1月1日后登记的研究开发项目，自2014年1月1日起建立研究开发费用专账管理制度，设置“企业研发支出多栏式明细账汇总表”(详见沪税所38号文)。沪税所38号文《企业研究开发费用加计扣除事项管理规程》中要求企业在研发项目备案登记时提供“企业研究开发费用专账管理承诺书”，承诺设置“研发支出多栏式明细账”，在企业所得税年度纳税申报的同时，报送《企业研发支出多栏式明细账汇总表》。若未按规定建立研究开发费用专账管理制度，将不享受企业研究开发费用加计扣除优惠政策。这意味着，企业对研发项目没有进行专账管理，是不能享受加计扣除政策的，因而对企业的研发费用的会计核算提出了明确且具体的要求，有利于促进企业加强研发费用的核算。

由税务部门一口式受理企业研发项目加计扣除资料

2012年市税务局和市科委联合转发《浦东新区企业研发费用加计扣除流程》（沪地税所〔2012〕64号，以下简称“沪税所64号文”），推广“浦东新区企业研发费用加计扣除操作流程”，即由新区税务部门一口受理企业研发项目登记材料，对有异议的研发项目，由新区税务部门汇总后统一交给新区科技部门进行鉴定，并由新区科技部门将鉴定意见直接反馈给新区税务部门。同时，对项目开发计划任务书、总经理办公会或董事会决议书和研究开发项目的效果情况说明等文件制定了参考文本。这一做法，不仅避免企业在税务部门和科技部门之间多次往返奔波，方便了企业申报，也减少了税务部门和科技部门的工作量，大大提高了企业申报、税务部门核定和科技部门鉴定的效率。为此，沪税所64号文要求各区县税务局、市税务三分局会同各对应科技部门，制定各区县、市直属单位税务、科技两部门专项工作合作方案和具体操作办法。在此基础上，沪税所38号文第三条规定，对有异议的项目，主管税务机关向企业出具《商请政府科技部门出具鉴定意见通知书》，统一受理《企业研究开发项目鉴定意见书》(详见沪税所38号文)中，每月末由企业所得税管理部门送相关政府科技部门，并做好回收工作。也就是说，由主管税务机关统一受理《企业研究开发项目鉴定意见书》，每月末统一送相关政府科技部门，并统一回收相关政府科技部门出具的鉴定意见。这一规定，统一了各区县的做法。

根据沪国税所[2009]14号文第一条第三款规定，税务部门主要核对企业研发项目是否符合《国家重点支持的高新技术领域》（国科发火〔2008〕172号）和《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南（2007年度）》（国家发展改革委员会等部门2007年度第6号公告）（以下简称“两个目录”）。核对时对企业研发项目有异议的，要求企业提供政府科技部门的鉴定意见。而科技部门出具的鉴定意见是判断是否符合以上两个目录中的任何一个。鉴定结果为“符合”的，可以享受加计扣除政策，否则就不能享受该政策。但是经过五年的实践，科技部门组织专家仅仅核对是否符合上述两个目录是远远不够的。在研发项目鉴定中主要存在以下两个问题：一是企业申报鉴定的资料过于简单，专家难以准确判断是否符合两个目录；二是即使可以判断符合两个目录，但企业提交的研发项目资料不齐全，不能判断其是否具有创新性和先进性，是否是常规性升级或科研成果的直接应用。总之，企业的研发管理还不规范，通过落实研发费用加计扣除政策促进企业规范研发管理的作用还没有充分显现出来。
针对所存在的问题，沪税所38号文修订了《企业研究开发项目鉴定意见书》，要求企业按照研发项目的特点如实填写该意见书，包括研发项目关键词、研发类型、研发预算与实际发生的费用、项目概述、立项依据、研发内容、计划进度、截止到上年末的进展情况等内容。对于一个研发项目，应当具备以上内容，而且各项内容之间存在强相关关系。例如，项目的进展情况与实际发生的研发费用是直接相关的，项目关键词、研发
内容、技术的创新性与先进性等之间密切相关。企业能否如实并高质量地填写《企业研究开发项目鉴定意见书》，取决于企业是否按照研发项目管理的要求对研发项目进行立项管理。而科技部门的鉴定意见不只是判断是否符合两个目录，还要对研发项目的创新性、先进性、研发内容、研发预算等作出综合判断，是否属于研发项目，是否属于符合两个目录，即作出可否享受加计扣除政策的鉴定意见。

综合来看，鉴定意见从是否符合两个目录的领域鉴定转向是否可享受加计扣除政策的综合鉴定。