建设具有全球影响力的科技创新中心，是国家战略的需要，也是上海自身实现创新驱动转型发展的内在要求。与国际知名的科技创新中心相比，上海建设具有全球影响力的科技创新中心还需进一步突破若干瓶颈问题，其中之一便是创新要素和创新资源问题。

全球科技创新中心是创新资源和要素的集聚地和配置中心。作为全国最大的经济中心城市，上海在创新资源的绝对拥有量上具有一定优势，但是从建设全球科创中心的目标要求看，目前上海的创新要素集聚度还不够高，创新资源的整合协同效应不明显。资源的集聚度仍有较大的提升空间，资源的整合协同仍需进一步加强。
首先，高水准的科研机构数量偏少，高新技术企业整体规模不大。截至2013年底，上海的国家级创新平台超过130个，其中国家重点实验室40个，国家工程实验室7个；而北京则有国家重点实验室112个，国家工程实验室38个，分别是上海的2.8倍和5.4倍。同样截至2013年底，上海经认定的高新技术企业有5140家，北京有8000家，而美国硅谷的类似高新技术企业则超过1万家。德勤公司2013年公布的《亚太地区高科技高成长企业500强》中，上海仅有10家企业上榜，北京有51家，差距明显。高新技术企业和高水准科研机构数量和规模偏小，说明创新主体、创新要素的集聚度不够，因而不利于创新活动的开展。

其次，研发投入强度仍需提升，结构仍需优化。2013年，上海的研发投入强度（R＆D经费支出占生产总值比重）为3.6%，深圳超过4%，北京则超过6%；另外，从R＆D经费支出的活动类型上看，尽管上海的基础研究占比从2007年的约5.4%提高到了2013年的约7.1%，应用研究占比从11.74%提升到13.14%，但是与发达国家相比仍有较大的差距，研发经费的支出结构仍需进一步优化。例如2008年，相关国家基础研究在R＆D经费中的占比分别为：美国（17.4%）、法国(25.4%)、意大利(27%)、日本(11.9)和韩国(16.1%)；应用研究占比分别为：美国（22.3%）、法国(39%)、意大利(45.6%)、日本(22.7%)和韩国(19.6%)，均远高于上海的相应水平。

此外，总部经济集聚度偏低。上海离全球研发总部还有相当大的差距。截至2013年底，在上海的外资研发中心有366家，其中世界500强有120多家，分别占全国的1/4和1/3。但这些研发中心的研究领域并不完全是体现最新理念的前沿技术，并且目前的研发中心数量仍然相对偏少，难以形成技术创新的平台经济。

据罗兰贝格咨询公司调研分析，欧美中国公司在选择亚太地区总部时，新加坡和中国香港是首选。基于中国市场在全球经济体系中的重要性，上海正逐步成为跨国公司地区总部选址最具吸引力的内地城市。但是与新加坡和中国香港相比，上海设立地区总部的条件最为严格，投资门槛也最高，尤其是税收政策和监管体系的缺陷一定程度上降低了上海对跨国公司总部的吸引力。例如上海对外企征收24%－30%的企业所得税，大大高于新加坡（17%）和中国香港（15%~16.5%）；对外籍员工征收的个税最高达45%（新加坡最高20%，中国香港最高17%）。

此外，国内新兴产业的龙头企业总部也较少设在上海。如互联网行业中百度公司总部在北京，阿里巴巴总部在杭州，腾讯公司总部在深圳。

最后，创新资源的整合协调机制乏力。创新资源的绝对量、聚集度是建设科技创新中心的基础性条件。在创新资源的数量和聚集度达到一定程度后，创新资源的整合协同就显得至关重要了。而这恰恰是上海需要着力突破的关键性瓶颈之一。

2013年，在全国科技进步环境指数排序中，上海、北京、天津、江苏、广东、浙江、山东居前7位；科技活动投入指数排序中，上海、江苏、天津、北京、浙江、广东、山东居前7位；科技活动产出指数排序中，北京、上海、天津、广东、江苏、陕西为前6位；高新技术产业化指数排序中，天津、上海、北京、江苏、重庆、四川、广东为前7位；科技促进经济社会发展指数排序中，广东、北京、上海、浙江、江苏、福建、辽宁为前7位。上海在环境、投入方面居全国首位，并且多年来一直保持这一地位，但是在产出、产业化水平以及促进社会发展方面却始终未能名列前茅，这在一定程度上说明上海在资源整合方面缺乏有效机制，资源协同效应不够，未能充分发挥其潜力。